Der Gesamtbestand von 3,8 Millionen Archivalien umfasst Urkunden, Amtsbücher, Akten und handgezeichnete Karten, umfangreiche Foto- und Plakatsammlungen, Audio- und Videomaterial sowie digitale Unterlagen. Mit mehr als 300.000 Urkunden ist das Bayerische Hauptstaatsarchiv eines der größten Urkundenarchive der Welt.
Das Schriftgut der herzoglichen und kurfürstlichen Zentralbehörden Bayerns und der Pfalz wird hier ebenso verwahrt wie die Archive der 1802/03 säkularisierten Klöster und Hochstifte Altbayerns, der Reichsstadt Regensburg und kleinerer reichsunmittelbarer Herrschaften (Abt. I). Die Überlieferung der bayerischen Staatsministerien und der sonstigen für ganz Bayern zuständigen Landesbehörden und Gerichte wächst kontinuierlich durch die Übernahme weiterer Unterlagen (Abt. II).
Das Geheime Hausarchiv (Abt. III) verwahrt die im Besitz des WAF befindlichen Unterlagen des Hauses Wittelsbach und nimmt eine rechtliche Sonderstellung ein.
Archivgut der ehemaligen bayerischen Armee (17. Jh. bis 1919) einschließlich des Hofkriegsrats, des Kriegsministeriums, älterer Truppenakten bis 1914 sowie der Kommandobehörden und Truppen des Ersten Weltkriegs bilden die Bestände des Kriegsarchivs (Abt. IV). Wegen der weitgefächerten Aktivitäten der Armee findet sich hier reichhaltiges Material für militär- und personen- sowie orts- und landesgeschichtliche Forschungen. Fragestellungen aus der Sozial- und Wirtschaftsgeschichte (z.B. Rüstungsbetriebe), der Alltags- und Mentalitätsgeschichte (z.B. Frauenarbeit im Ersten Weltkrieg), der Technikgeschichte (v.a. Wehrtechnik) und der Bau- und Architekturgeschichte (v.a. Militärbauten) lassen sich hier bearbeiten.
Nichtstaatliches Schriftgut wie Politikernachlässe (u.a. Montgelas, von der Pfordten oder Hans Ehard), Familienarchive (u.a. Herzöge von Leuchtenberg, Freiherren von Aretin), Verbandsschriftgut und archivisches Sammlungsgut (Plakate, Flugblätter, Druckschriften) ergänzen das klassische Behördenschriftgut (Abt. V). Durch aktive Sammlungstätigkeit werden diese Bestände laufend ergänzt.
Beständeübersicht des Bayerischen Hauptstaatsarchivs im Archivportal-D